Comienza seis años después de que la Tierra fuera devastada por una nueva ola de radiación (Praimfaya).
Durante ese tiempo:
Cuando el grupo regresa a la Tierra, descubren que solo queda un valle fértil, pero también que ha llegado una nueva amenaza: los prisioneros de la nave minera Eligius, liderados por la despiadada Charmaine Diyoza.
La lucha por el control del último valle habitable desata una guerra entre Wonkru, los prisioneros y los propios protagonistas, divididos por lealtades y traiciones. Clarke toma decisiones polémicas para proteger a Madi, mientras Octavia se obsesiona con la guerra como única salida.
La temporada culmina con la destrucción definitiva del valle y la Tierra quedando completamente inhabitable. Sin otra opción, los supervivientes entran en criosueño rumbo a un nuevo planeta, dejando atrás el mundo que intentaron salvar tantas veces.